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    【bbin宝盈基因检测】在LINUX操作界面读取数据库中的基因检测数据

    介绍顺利获得BASH语句,利用Linux、Unix的窗口、终端顺利获得命令行数据下载大容量基因检测数据。本文为bbin宝盈基因为基因检测组织给予的初级联系内容。

    bbin宝盈基因检测】在LINUX操作界面读取数据库中的基因检测数据


    BASH语句、命令介绍

    Bash (GNU Bourne-Again Shell) 是许多Linux发行版的默认Shell 。事实上,还有许多传统UNIX上用的Shell,例如tcsh、csh、ash、bsh、ksh等等,Shell Script大致都类同,当您学会一种Shell以后,其它的Shell会很快就上手,大多数的时候,一个Shell Script通常可以在很多种Shell上使用。

    bash是大多数Linux系统以及Mac OS X默认的shell,它能运行于大多数类Unix风格的操作系统之上,甚至被移植到了Microsoft Windows上的Cygwin系统中,以实现Windows的POSIX虚拟接口。此外,它也被DJGPP项目移植到了MS-DOS上。

    bash的命令语法是Bourne shell命令语法的超集。数量庞大的Bourne shell脚本大多不经修改即可以在bash中执行,只有使用了Bourne的特殊变量或内置命令的脚本才需要修改。 bash的命令语法很多来自Korn shell (ksh) 和 C shell (csh), 例如命令行编辑,命令历史,目录栈,$RANDOM 和 $PPID 变量,以及POSIX的命令置换语法: $(...)。作为一个交互式的shell,按下TAB键即可自动补全已部分输入的程序名、文件名、变量名等等。

    如何采用循环语句一次性取得多个基因检测数据库数据?

    #!/bin/bash    ###进入bash目录
          mkdir data   ###创建data文件夹
    cd data   ###转向数据文件夹
    for i in `seq 25 40`; #### 创建反复读取文件名尾数从25到40
    do     ####循环开始
      mkdir DRR0161${i}; ###创建子文件夹
      cd DRR0161${i};    ###进入到子文件夹
      wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/DRR016/DRR0161${i}/DRR0161${i}_1.fastq.gz; ####根据生成地址名,并从地址名下载基因检测数据一端
      wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/DRR016/DRR0161${i}/DRR0161${i}_2.fastq.gz; #####生成地址名,并从地址名下载基因检测数据另一个读取文件
      cd ..;   ###返回到数据文件夹
    done    ####循环结束
    cd ..

    (责任编辑:bbin宝盈基因)
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