新一代测序技术的显著进步使得测序作为临床工具得到广泛应用。为了有助于中国乳腺癌精准治疗的开展，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物在此报告了一项基于基因芯片的大规模前瞻性临床测序项目，并全面分析了中国乳腺癌的临床和基因组学特征。1134例乳腺癌的突变图谱分析显示，中西方患者之间最显著的差异发生在激素受体阳性、人表皮生长因子受体2阴性的乳腺癌亚型中。p53和Hippo信号通路的突变更为普遍，在bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物队列中的9条致癌通路中存在2种互斥模式和9种共现模式。进一步的临床前基因解码表明NF2功能丧失突变可能对Hippo靶向治疗策略敏感。bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物建立了一个数据库和一个精准医学知识库，用于数据交换和解读。总的来说，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物的基因解码提出了一种中国精准肿瘤治疗的领先方法，并揭示了乳腺癌中潜在的可操作突变。

《医学基因检测如何帮助乳腺癌患者找到靶向药物》关键词：

乳腺癌,癌症遗传学,医学基因检测,靶向药物

采用西方基因检测数据库解码中国乳腺癌患者的靶向药物需求，存在明显的偏差。乳腺癌靶向药物基因解码分析了1,134例中国乳腺癌患者的突变情况，发现了一些可以指导靶向药物选择的基因突变靶点。中国乳腺癌患者基因解码表明，p53和Hippo通路突变的患病率更高。

bbin宝盈基因为什么召开乳腺癌靶向药物基因检测项目？

乳腺癌靶向药物基因解码所采用的大规模并行新一代测序 (NGS) 显著提高了bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物对肿瘤基因组图谱的理解。在当今精准肿瘤学时代，NGS 是肿瘤诊断和治疗的重要方法。bbin宝盈基因850精准用药基因检测为先进的靶向治疗和临床试验入组给予了临床上可行的突破性诊断追踪。

分子亚型和基于病理的替代分类为乳腺癌治疗策略的选择给予了基本依据。基因组检查揭示了乳腺癌中多个潜在的可以做为靶向药物靶点。批准用于治疗乳腺癌的靶向治疗包括多种针对 HER2（通常称为人类表皮生长因子受体 2）扩增的药物（曲妥珠单抗，帕妥珠单抗，ado-trastuzumab emtansine，拉帕替尼和来那替尼），以及用于BRCA1/2突变晚期乳腺癌的 PARP 抑制剂（奥拉帕尼和他拉唑帕尼）和用于PIK3CA突变晚期乳腺癌的PI3K 抑制剂（alpelisib） 。其他靶向治疗，包括AKT抑制剂、 STAT3抑制剂、抗雄激素疗法等，现在都是活跃的基因解码领域。

对多个组织的临床级基因组和临床数据进行全球分析，可以为识别特定患者亚群、稀有基因生物标志物和治疗靶点给予更有效的策略。最近，bbin宝盈基因检测推出并开发了临床 NGS 检测组，用于在临床环境中检测 850个乳腺癌特异基因的体细胞和种系突变。FUSCC 的乳腺癌患者如果同意参与一项涉及多基因检测的基因解码，则被转诊到精准肿瘤医学中心，并从这些患者身上采集肿瘤组织和外周血样本。随后，DNA 测序和数据分析在上海中国国家人类基因组基因解码中心 (CHGC) 进行。bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物的基因解码构成了中国大规模乳腺癌的临床前瞻性测序，并展示了对中国乳腺癌患者精准治疗的临床意义和转化价值。使用来自 1134 个肿瘤的突变数据，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物分析并确定了中国乳腺癌中最大的基因组图谱、突变特征和潜在分子靶点。

结果

FUSCC-BC 前瞻性测序队列的基因解码方案和基因组描述

bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物前瞻性地顺利获得穿刺活检和配对外周血样本收集乳腺肿瘤。获取配对血液DNA作为所有肿瘤样本的对照，从而过滤种系变异并识别体细胞突变。所有原发性样本均在手术、化疗或内分泌治疗前采集，转移性样本顺利获得靶器官转移活检获取。肿瘤样本经初步病理验证、制备并转移至CHGC进行标准测序，详细步骤详见“方法”部分。肿瘤样本测序平均覆盖深度为1000倍，血液样本测序平均覆盖深度为400倍。样本测序和数据分析在1个月内完成，随后告知患者检测结果，并在适当情况下转诊至临床试验（图 1a）。bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物手动将入选的乳腺癌患者分为三组（图 1b），即接受新辅助治疗的局部晚期患者（组 1）、接受手术的早期患者（组 2）和接受挽救治疗的晚期患者（组 3）。bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物相信组 1 的临床测序将有助于基因解码人员发现预测性生物标志物并观察药物敏感性。此外，虽然组 2 现在无法从临床测序中获益，但它将有助于在复发时制定治疗方案。长期随访中完整的治疗、反应和生存信息将在bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物的开放获取数据库中更新。根据测序结果，组 3 有机会接受精准治疗并参考临床试验。bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物的基因解码从2018年4月至2019年4月招募了419名新辅助乳腺癌患者、606名手术乳腺癌患者和109名晚期乳腺癌患者（图 1c ）。值得注意的是，一项针对晚期三阴性乳腺癌患者的基因组匹配伞状临床试验（FUSCC-TNBC-Umbrella，Ib/II期，开放标签试验，NCT03805399）是使用免疫组织化学分层指数和面板测序读数的组合指数设计的，并进行了基因解码。这项正在进行的基因解码使中国临床医生能够实践基因组学指导的临床治疗。

bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物招募了更多的早期乳腺癌患者和更多的局部晚期/晚期乳腺癌患者（图 1d）。III-IV 期患者占bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物队列的 40%，而仅占 TCGA 队列的 25%。与bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物相比，MSKCC 队列招募了更多的局部晚期/晚期患者并收集了更多的转移性样本（51% 比 3%，P  < 0.001）。此外，MSKCC 队列中的 179 名患者有来自不同部位的多个样本进行了测序，而bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物队列中没有患者被重复测序。MSKCC 队列包括更多来自不同组织部位的样本，如骨、胸膜和脑，而bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物的队列中没有这些。值得注意的是，37% 的患者进一步转诊至新辅助治疗，这一比例明显高于 MSKCC 和 TCGA 中的相应比例（图 1d）。 FUSCC 基因库涵盖了癌症基因组图谱 (TCGA) 、纪念斯隆凯特琳癌症中心 (MSKCC) 和 FUSCC-TNBC 数据集中乳腺癌相关的高突变基因。bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物还添加了基因组生物标志物，以满足未来基础基因解码和转化基因解码的需求。bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物基因库中的基因与 FoundationOne CDx 基因组检测和 MSK-IMPACT 肿瘤分析中包含的乳腺癌相关基因大部分重叠，以便比较中国患者和西方患者的突变谱。

根据病理免疫组化染色，患者被分为 5 个亚组，即 luminal A、luminal B/HER2-、luminal B/HER2+、HER2+ 和三阴性。bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物的队列包含了已发表的乳腺癌数据集（包括 MSKCC 和 TCGA）中最多的原发样本。为了确保与 MSKCC 和 TCGA 队列中癌症分层的可比性，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物队列中的乳腺癌病例根据免疫组化染色结果主要分为 HR+/HER2-（结合 luminal A 和 luminal B/HER2-）、HR+/HER2+、HR-/HER2+ 和三阴性亚型。值得注意的是，与 TCGA 和 MSKCC 队列相比，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物基因解码队列中 HR−/HER2+、HR+/HER2+ 和 HR−/HER2− 乳腺癌患者更为常见。

中国乳腺癌体细胞变异的基因组特征

bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物的结果表明，在中国人群中观察到的最常见的乳腺癌相关变异是TP53突变（53%），其次是PIK3CA突变（32%）和NF1 突变（10%）。其他排名靠前的突变基因如图 2a所示。如图2b所示 ，中国乳腺癌中的热点突变（频率高于 2%）包括PIK3CA p.H1047R（13%）、AKT1 p.E17K（4%）、KMT2C p.K2797fs（2%）和TP53 p.R248Q（2%）。TP53的复发突变（p.H179R、p.R282W、p.R248Q、p.Y220C、p.R213X、p.R342X、p.Y163C 和 p.C176Y）主要发生在乳腺癌的 luminal B/HER2+、HER2+ 和三阴性亚型中。AKT1 p.E17K（9%，luminal A；6%，luminal B/HER2-）也在 HR+/HER2- 亚型中富集。此外，SF3B1 p.K700E（9%）和SMO p.L23del（4%）突变在Luminal A亚型中更为常见，PIK3CA p.H1047R（16%）和GATA3 p.P409fs（2%）突变在Luminal B/HER2-亚型中更为常见。TP53在Luminal B/HER2+（63%）、HER2+（74%）和三阴性（80%）亚型中均表现出极高的突变率。bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物数据集中的1114个样本成功检测出拷贝数变异（CNV）（图 2c）。中国乳腺癌患者中受 CNV 影响最频繁的基因是ERBB2 (25%)、MIEN1 (25%)、GRB7 (24%)、TRPS1 (6%)、MYC (6%)、ERLIN2 (6%)、PLPP5 (6%)、NSD3 (6%)、FGFR1 (6%) 和CCND1 (5%)。

比较主要突变基因的变异等位基因频率 (VAF)，发现PIK3CA的 VAF 最高 ( P  < 0.001) （图 2d）。如图 2e 所示，成对比较显示AKT1 (12%) 在管腔 A 亚型中富集，而PIK3CA (38%) 和GATA3 (13%) 在管腔 B/HER2- 亚型中富集。HER2+ 亚型与较高的TP53 (74%) 突变频率显着相关。此外， TP53 (80%) 和PTEN缺陷 (10%) 在 TNBC 中明显富集。除了这些主要突变基因外，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物还观察到FAM47C和KDM6A突变与三阴性亚型相关，CBFB突变与管腔 A 亚型相关，XDH突变与管腔 B/HER2 亚型相关。

bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物进一步基因解码了五种亚型中的突变负荷，发现 TNBC 表现出最高的突变负荷（P  = 0.005）。此外，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物展示了排他性和共现突变的模式。在NF1中发现共现突变数量最多，在其他各种基因中也发现了共现突变，包括RUNX1，APC，ATRX，KMT2D，MEN1，ARID1A，NOTCH1和DNMT3A。对排他性突变模式的分析显示，ARID1A和PTEN突变表现出完全互斥的关系（没有样本同时含有ARID1A和PTEN突变）。

bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物考察了中国患者与西方患者突变特征的差异，特别是与已发表的TCGA和MSKCC乳腺癌数据集的差异。与MSKCC原发性乳腺癌数据集相比，经过错误发现率（FDR）校正后，本数据集中有20个基因突变频率较高，8个基因突变频率较低（图 3a）。差异主要集中在HR+/HER2-亚型（图 3b，左上），而在HR+/HER2+、HR-/HER2+和三阴性亚型中差异较小（图 3b，右上、左下和右下），这表明中国人群与西方人群的差异主要体现在HR+/HER2-亚型上。此外，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物比较了bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物队列中的晚期乳腺癌病例和 MSKCC 数据集，发现bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物队列中有三个基因（TP53、KMT2C和KMT2D）突变频率较高，而bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物数据集中有一个基因（ESR1）突变频率较低（图 3c）。

此外，TCGA 队列中白种人占 69%（757 个样本）。为了全面描述这种差异，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物将 TCGA 中的白种人和非裔美国人乳腺癌病例数据与bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物中国患者的数据进行了比较。在 TCGA 中的白种人患者和bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物中国队列的比较中也得到了类似的发现，即两个种族之间最大的差异发生在 HR+/HER2- 亚型。尽管如此，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物队列中的突变谱与 TCGA 中的非裔美国人队列相似。bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物发现KMT2C p.K2797fs 是中国乳腺癌中的常见突变，但在 MSKCC 队列中却并非如此（2% vs 0%，FDR < 0.05），且这一发现在 HR+/HER2- 亚型中尤其明显。此外，与 TCGA 队列相比，AKT1 p.E17K（4% vs 0%，FDR < 0.05）和TP53 p.R248Q（2% vs 0%，FDR < 0.05）在bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物的基因解码中的中国人群中更常见。具体来说，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物队列中的 HR+/HER2- 乳腺癌亚组中 AKT1 p.E17K 显示出比 TCGA 队列更高的突变频率（7% 对 0%，FDR < 0.05）。

bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物确定在 1134 名患者中，5.8％ (66/1134) 的患者携带致病/可能致病的种系突变。突变基因包括BRCA1 ( n  = 22)、ALK ( n  = 5)、BRCA2 ( n  = 5)、CHEK2 ( n  = 5)、ATR ( n  = 4)、RB1 ( n  = 4)、TP53 ( n  = 3)、TSC2 ( n  = 3)、APC ( n  = 3)、BRAF ( n  = 2)、NF1 ( n  = 2)、PTEN ( n  = 2)、SMARCA4 ( n  = 2) 、 STK11 ( n  = 2)、ETV6 ( n  = 3)、KRAS ( n  = 2)、MTAP ( n  = 2) 和SMAD4 ( n  = 1)。

由于TCGA和MSKCC数据库中种系变异的测序结果并非直接开放获取，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物查阅了已发表的具有大样本量种系测序数据的文献。因此，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物将bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物中国队列与已发表的白种人34和非裔美国人35队列中的六个常见突变基因进行了比较。比较结果显示在补充图 6b中。bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物发现BRCA2（0.44%vs 2.05%vs 1.94%，P  =0.001）、CHEK2（0.44%vs 1.73%vs 0.38%，P  <0.001）和PTEN（0.18%vs 0.07%vs 0.00%，P  =0.018）的突变频率在中国、白种人和非裔美国人群体中存在差异。

中国乳腺癌的致癌信号通路

bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物进一步评估了中国乳腺癌中常见致癌改变的九条典型信号通路，包括细胞周期和Hippo、Notch、PI-3-激酶（PI3K）、β-catenin/Wnt、受体酪氨酸（RTK）/RAS/MAP-激酶（简称RTK-RAS）、p53、TGF-β和Myc信号通路36。根据bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物的面板测序结果，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物绘制了这九条信号通路突变的综合图，并包括了每种乳腺癌亚型的突变频率（补充图 7）。总之，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物发现不同亚型之间突变特征的差异主要发生在Hippo、PI3K和p53信号通路中。在Luminal B/HER2+亚型中未发现Hippo信号通路突变。

bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物揭示了乳腺癌通路改变的全貌，其中p53（55%）、PI3K（45%）、RTK-RAS（32%）和Notch（17%）通路的突变频率较高（图 4a）。此外，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物队列中p53（53% vs 31%，FDR < 0.05）、WNT（7% vs 1%，FDR < 0.05）、RTK-RAS（31% vs 18%，FDR < 0.05）、Hippo（2% vs 0%，FDR < 0.05）和NOTCH（17% vs 11%，FDR < 0.05）通路的突变频率显著高于MSKCC（原代样本）（图 4b）。然而，在晚期样本队列中，WNT、NOTCH 和 RTK–RAS 通路并无差异（补充图 8a）。此外，与 TCGA 数据相比，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物在中国人群中发现了 TGF-β（2% vs 1%，FDR < 0.05）和 Myc（1% vs 0%，FDR < 0.05）通路的频率更高（补充图 8b）。具体而言，这些通路上基因的不完整可能会限制不同测序队列之间比较的意义。成对分析显示，PI3K和TGF-β信号通路在luminal B/HER2-亚型中突变频率较高，p53通路突变在luminal B/HER2+、HER2+和三阴性亚型中富集，细胞周期突变仅HER2+亚型发生频率相对较高（图 4c）。不同分期乳腺癌信号通路改变的比较显示，p53通路突变在较晚期乳腺癌如III期和IV期中明显富集。值得注意的是，PI3K信号通路突变在绝经后乳腺癌患者中明显富集（补充图 8d）。乳腺癌各信号通路的VAF模式分布多样。此外，Myc、p53、PI3K 和细胞周期信号通路中发现的突变频率高于细胞周期、Hippo、Notch、RTK-RAS 和 TGF-β 信号通路，表明这些严重改变的通路中存在潜在的驱动影响（补充图 8e）。bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物还探索了各个通路中显著的共现和互斥改变，发现这九条致癌信号通路中有两种互斥模式和九种共现模式（图 4d，左）。此外，在整个中国乳腺癌队列中，Hippo 信号通路与其他通路共现突变最多（图 4e）。有趣的是，Hippo 信号通路的共现模式仅存在于 Luminal B/HER2- 亚型中，但在其他亚型中消失。

中国乳腺癌基因组变异的临床可行性

bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物开发了复旦乳腺癌精准医学知识库 (FBC-PreMedKB，http://public-data.3steps.cn/ ) 31，并将其用于数据解读和临床报告。关于可操作性改变及相应药物的原始信息来自 MyCancerGenome、CIViC、Oncokb 和 ClinicalTrails.gov 等公共数据库，并由bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物的乳腺癌专家进行了优化。基于 FUSCC-BC 基因组合，共有 32 个基因可与 161 种药物匹配（补充数据 3）。

bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物进一步探索了可能受益于临床测序的中国乳腺癌患者中潜在的可操作靶点。FBC-PreMedKB 系统用于对基因组生物标志物的水平进行分层（图 5a和补充图 9 ）。补充资料4中列出了携带可操作突变的个体患者的详细信息和相应的药物 。当比较 1-4 级生物标志物时，不同级别的基因组生物标志物在五种乳腺癌分子亚型中具有不同的成分。1 级基因组生物标志物占可操作突变的大多数，占乳腺癌患者中检测到的所有突变的 24.9%（图 5b）。三阴性病例往往具有最多的致癌突变，HR+/HER2- 病例往往在bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物队列的不同亚型中具有可操作的靶点（图 5c、d）。bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物进一步生成了一个图表来区分不同亚型之间的可操作性特征（补充图 10a）。虽然罕见，但bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物注意到在乳腺癌 HER2+ 亚型中属于细胞周期通路的CDKN2A存在具有临床意义的突变（P  < 0.05），这表明 CDK4/6 抑制剂具有潜在益处。AKT1和PIK3CA可操作致癌突变分别在 Luminal A 和 Luminal B/HER2- 亚型中显著富集（P  < 0.001）。此外，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物基因解码了中国患者和西方患者之间可操作特征的差异（补充图 10b-e）。与中国患者相比，根据 OncoKB 标准，MSKCC 数据集中西方患者原发性乳腺癌和晚期乳腺癌中可操作的PIK3CA突变的频率均增加。值得注意的是，中国乳腺癌患者中可操作性AKT1突变的频率高于白人乳腺癌患者。bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物进一步总结了本基因解码不同亚型中国乳腺癌的基因组特征和潜在治疗策略（补充表 5）。

NF2功能丧失突变增强对YAP抑制剂的敏感性

Hippo 通路的基因组改变在高加索乳腺癌中极为罕见，但在中国人群中的频率明显较高（图 4b）。此外，发现 Hippo 通路大多与其他通路共同改变（图 4e），这为深入分析其功能协同作用和潜在的基于基因组的策略给予了依据。NF2是一种已知的肿瘤抑制基因，在 Hippo 信号通路中起着守护者的作用。bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物还发现2 % 的乳腺癌患者携带NF2突变，这种突变特定发生在管腔型和三阴性乳腺癌中，并且该频率高于高加索人群。随后，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物探讨了几个已鉴定的NF2热点突变（图 6a）在信号通路中的作用及其对 YAP 抑制剂维替泊芬的反应，维替泊芬是一种抑制 TEAD–YAP 关联的小分子药物。NF2 L75I、G240W、P257T/Q 和 Q324K 被确定为复发点，因为在bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物的队列中至少有两例发现它们发生了突变。

bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物第一时间构建了携带对照、野生型或突变型NF2的稳定细胞系。bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物观察到野生型NF2抑制了FGFR2的表达，而NF2突变体G240W和Q324K则没有这种抑制作用（图 6b）。在表达NF2突变体G240W和Q324K的MDA-MB-231和Hs578T细胞中，JNK和p38的磷酸化水平以及YAP1和细胞周期蛋白D1的表达显著上调。外源性野生型NF2抑制了Hippo信号和细胞周期信号的活性，而功能丧失的NF2突变体导致这些信号通路的功能障碍。与野生型 NF2 相比，NF2 功能丧失突变（G240W 和 Q324K）与细胞周期蛋白 D1 的增加有关，这导致 CDK4/6 的激活和 Rb 的磷酸化（图 6b）。维替泊芬干扰了 TEAD-YAP 相互作用并导致 YAP 降解，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物推测维替泊芬能够阻止 YAP1 的上调，从而导致 NF2 功能障碍。携带 NF2-WT 和 G240W/Q324K 的 Hs578T 细胞在饥饿培养基中培养 24 小时，然后用增加剂量（0、1、3.3 和 10 μm）的维替泊芬处理（图 6c）。bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物还用 1 μm 维替泊芬处理相同的细胞系 0、6、12 和 24 小时（图 6d）。 Western blot分析表明维替泊芬处理可有效抑制YAP1的表达。正如预期的那样，携带NF2 G240W/Q324K的细胞（图 6e，f）对维替泊芬处理的敏感性明显高于野生型NF2 L75I（图 6g）和NF2 P257T/Q（图 6h），表明NF2 L75I和NF2 P257T/Q并非完全丧失功能的突变。bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物进一步在MDA-MB-231细胞中重复了该实验。相似的结果表明NF2突变体G240W显著提高了对维替泊芬和NF2的敏感性，而突变体Q324K有接近的趋势。bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物的数据表明 YAP 抑制剂可能有希望用于治疗NF2突变肿瘤，但应在进一步基因解码中进行检验。

乳腺癌靶向药物基因检测共识性意见

顺利获得bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物的共同努力和持续努力，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物建立了基于人群的乳腺癌基因组和临床病理数据集。bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物初步设计、创建和优化了可与 NGS 平台结合使用的乳腺癌特异性面板，以满足未来临床精准医疗基础和转化基因解码的需求。与其他公开的基因组数据库相比，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物的队列招募了大量的原发性乳腺癌患者，并且主要由中国人口组成。此外，与bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物队列相比，MSKCC和TCGA数据集中发现的 HR+/HER2+、HR-/HER2+ 和三阴性乳腺癌的比例较小，因此，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物的工作大大增加了可用的测序数据量，并有助于更好地分析这些分子亚型。在本基因解码中，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物发现中国人群的突变谱与MSKCC数据库中的国外人群存在差异，并且这种差异在原发性乳腺癌和晚期乳腺癌中均有存在。进一步对不同分子亚型的分析发现，这种差异主要发生在HR+/HER2-型乳腺癌中，而其他亚型的突变流行率相近。近期一项涉及304例乳腺癌患者的基因解码也得到了类似的结果，该基因解码使用33个基因面板揭示了中国人与白种人样本突变谱差异最大的情况，该结果与bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物近期基因解码的结果一致。因此，这些发现表明中国三阴性乳腺癌患者的突变谱与国外报道的类似，TP53（80%）、PIK3CA（24%）、PTEN（10%）和KMT2C（8%）是最常见的体细胞突变。有趣的是，基于给定的种族信息，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物发现中国数据集的突变谱与高加索人群不同，但与非裔美国人群体相似。bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物注意到最近的两项基因解码表明，TP53、ESR1、PTEN、KMT2C、AKT1和NF1在转移性 HR+/HER2- 乳腺癌中比早期乳腺癌更常发生突变，这与之前的基因解码一致，表明它们在乳腺癌转移和复发中起着驱动作用。在bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物的基因解码中，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物发现TP53和NF1的突变频率显著高于 TCGA 和 MSKCC 数据集。第一时间，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物推测TP53和NF1突变频率的差异可能是由于bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物队列中 HR+/HER2- 亚型患者的比例低于其他两个队列所致。其次，TP53和NF1基因的富集似乎尤其在转移性 HR+/HER2- 亚型中得到维持。第三，由于这些基因在转移性乳腺癌患者中富集，这可能表明与白种人群相比，中国人群的乳腺癌是一种更具侵袭性的类型。

bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物从突变富集程度、突变互斥和共现模式、肿瘤突变数量、致癌通路改变和临床可操作性等多个方面进一步系统地探索了这些特征。具有高 VAF 的突变表明在肿瘤发生过程中早期出现或对肿瘤细胞后期扩增有巨大贡献，并且先前的基因解码表明AKT1、CBFB、MAP2K4、ARID1A、FOXA1和PIK3CA突变在乳腺癌中具有相对较高的平均 VAF。同样，在bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物中国乳腺癌队列中，AKT1和PIK3CA突变具有相对较高的 VAF。发现PIK3CA和AKT1突变在管腔 B/HER2- 亚型中特别富集，NF1和ERBB2突变在管腔 B/HER2+ 突变中富集，PTEN突变在三阴性乳腺癌中富集。此外，不同亚型之间存在显著差异，提示TNBC具有较高的突变负荷。由于所有乳腺癌类型的突变负荷都相对较低，体细胞测序结果证明，在TNBC患者和具有冗余突变负荷的患者中应用免疫治疗是有前景的。TCGA数据集中致癌信号通路的表征揭示了乳腺癌特定分子亚型（基于PAM50分类）的多种特征，而先前基因解码分析的样本有利于Luminal A亚型（50.8％）和外国人群。bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物使用了样本量更大的中国人群队列（1134）来表征乳腺癌各个分子亚型（基于免疫染色分类）中的通路突变。与之前的基因解码一致，乳腺癌与 p53（53%）、PI3K（45%）和 RTK-RAS（32%）信号通路的高突变频率相关。

Hippo通路因果蝇Hpo激酶而得名，是一种高度保守的信号转导通路，在器官大小控制、组织再生、免疫反应、干细胞功能和肿瘤抑制中发挥重要作用。许多基因解码支持Hippo通路在多种人类癌症（包括乳腺癌）中作为肿瘤抑制通路的作用。尽管有这一发现，参与Hippo通路的基因体细胞或种系突变并不常见，只有上游基因NF2被确认为真正的肿瘤抑制基因。由于中国人群中Hippo通路和NF2基因改变的频率较高，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物选择了几个突变来验证它们对YAP抑制剂维替泊芬的敏感性。维替泊芬适用于治疗以经典型中心凹下脉络膜新生血管为主的患者，并在癌症治疗中显示出良好的疗效。bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物证实NF2基因的G240W和Q324K为功能丧失突变，而L75I和P257T/Q则不是。这些数据为携带功能丧失型NF2突变的乳腺癌给予了一种基于基因组学的潜在治疗策略，并提示维替泊芬可能在Hippo激活型肿瘤中表现出更高的疗效。

具体而言，对于队列1中接受新辅助治疗的患者，当患者完成新辅助治疗并接受手术和病理评估时，临床读数被称为病理完全缓解（pCR）和非pCR。pCR通常定义为乳腺和区域淋巴结中的浸润性癌完全消失，表明对药物敏感。相反，非pCR定义为乳腺或区域淋巴结中残留浸润性癌，表明对新辅助治疗相对耐药。顺利获得比较队列1中pCR和非pCR组的突变频率，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物可以基因解码某些基因的新发突变与药物敏感性/耐药性之间的相关性。现在，基因组学结果不影响队列1的临床决策。这些患者根据中国抗癌协会乳腺癌治疗指南接受规范治疗。此外，队列3包括109例晚期乳腺癌患者。尽管大多数患者接受了临床基因组测序，但最终只有23例难治性转移性三阴乳腺癌患者入组了FUTURE试验（ClinicalTrials.gov注册号：NCT03805399）。该试验旨在探索基因组检测及相应的靶向治疗对难治性转移性三阴乳腺癌的临床适用性。值得注意的是，FUTURE试验结果显示，入组患者预后良好，客观缓解率（ORR）有所提高。

综上所述，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物的基因解码结果全面揭示了中国乳腺癌突变的特征，从而加深了bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物对不同分子亚型间突变多样性的理解，有助于识别潜在的治疗生物标志物，并为基因组靶向策略和临床试验奠定基础。此外，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物构建了复旦数据门户，顺利获得对数据集中的基因、样本和临床数据进行可视化和分析，促进癌症基因组学数据的探索。该数据门户可更新，bbin宝盈基因乳腺癌靶向药物正在进行的基因解码正在迅速招募更多乳腺癌患者进行临床测序和管理。